Er wordt opnieuw een beroep gedaan op Johnny English, de onwaarschijnlijke geheim agent in de Britse geheime dienst. Na zijn laatste perikelen heeft MI-7's Johnny English zijn vaardigheden bijgespijkerd in een afgelegen Aziatisch gebied. Maar wanneer zijn leidinggevenden lucht krijgen van een moordpoging op de Chinese president, wat een wereldchaos zal veroorzaken, gaan zij onmiddellijk op zoek naar hun onorthodoxe agent.
Dr. Evil en Mini-Me zijn ontsnapt uit hun gevangenis, om vervolgens samen met de slechte Goldmember een plan voor wereldheerschappij te verzinnen. Dit plan bestaat uit flink wat tijdreizen, en het kidnappen van de spion Nigel Powers, de vader van geheim agent Austin Powers. Terwijl Austin Dr. Evil, Mini-Me en Goldmember door de tijd achterna reist stopt hij in 1975. Hier krijgt hij hulp van een oude vriendin, detective Foxy Cleopatra.
In 1969 verslaat de Britse geheim agent Austin Powers de meeste handlangers van zijn grote vijand Dr. Evil. Dr. Evil besluit zich in te vriezen zodat Austin hem niet zal kunnen pakken. Austin besluit zichzelf ook in te laten vriezen, voor het geval Dr. Evil ooit weer tevoorschijn komt.
Agent Dick Steele moet voorkomen dat generaal Rancor de wereld vernietigt met een speciale raket, waarvoor hij alleen nog een bepaalde computerchip mist. Deze chip is uitgevonden door professor Ukrinsky, met wiens dochter Steele wil samenwerken in deze zaak, niet wetend dat zij een KGB-agent is.
De voormalige dief Harry Palmer is nu (onvrijwillig) spion geworden. Hij krijgt de opdracht de vermiste doctor Radcliffe op te sporen, die evenals twee collega's voor hem, verdwenen is. De doctor heeft een dossier dat extreem gevaarlijk kan zijn voor de Westerse wereld. Het blijkt dat de vijand de doctor wil hersenspoelen, terwijl Harry's baas in het geheim met hen onderhandelt.
Michael Corben, gaat samen met zijn klas Frans op schoolreis naar Frankrijk. Het toeval bestaat dat er een undercover agent met dezelfde naam bestaat als Michael. Als Michael op een gegeven moment wordt aangezien als de undercover agent, verandert zijn schoolreisje in een gevaarlijke trip, waarbij hij een belangrijke politicus moet beschermen.
Een huurmoordenaar genaamd Filthy Harry wordt ingehuurd door een duistere figuur en belast met het doden van de helden. De mannen worden tweemaal beschuldigd van verschillende overvallen door de nieuwe vriendin van King Kong, bijna opgenomen in een psychiatrisch ziekenhuis door hun slinkse baas, en gedwongen om te vechten tegen de met wapens beladen robot van Filthy Harry terwijl ze bedekt zijn met tijdbommen.
Mr. Chan was de beste agent. Helaas werd hij direct na een missie ontslagen. Zijn partner maakte een fout en beledigde per ongeluk de vrouwelijke politieagent Shek. 20 jaar later heeft mevrouw Shek geen andere keuze dan de problemen opzij te zetten en Chan te vragen om haar te helpen bij het oplossen van een mysterieuze zaak.
Agent Lemmy Logan onderzoekt de zaak van een vermiste NASA-wetenschapper en ontdekt dat een ex-nazi een nieuw superwapen aan het ontwikkelen is.
