리플리가 노스트로모호를 타고 에일리언과 접촉하기 30여년 전, 과학자 엘리자베스 쇼와 찰리 할러웨이가 스코틀랜드에서 선사시대 벽화를 발견한다. 이 벽화가 인류를 창조한 외계인들의 위치를 나타내는 지도라는 걸 깨달은 그들은 웨일랜드사가 꾸린 팀과 함께 탐사선 프로메테우스호를 타고 우주로 나아간다. 탐사대는 행성에 착륙하자마자 외계인들이 남긴 거대한 피라미드형 유적을 발견하고, 내부에서 죽은 외계인들의 시체와 마주친다. 엘리자베스는 죽은 외계인의 DNA가 인간의 것과 똑같다는 것을 밝혀내는데...
2092년 죽음을 눈앞에 둔 118살 '니모'는 한 기자와의 인터뷰를 통해 인생의 첫 번째 선택을 떠올린다. 9살의 '니모'가 이혼하게 된 부모님 중 한 명을 선택하게 된 것. 그 선택을 시작으로 '니모'는 각기 다른 아홉 가지 인생을 살게 된다. 어머니를 선택한 15살의 ‘니모’는 새아버지의 딸 '안나'와 깊은 사랑에 빠지지만 어른들의 거센 반대에 부딪히고, 아버지를 선택한 15살의 '니모'는 또 다른 소녀 '앨리스'와 '진'을 만나며 첫사랑의 아픔을 겪는다. 그리고 34살의 니모는 헤어진 '안나'를 찾으러 다니는 수영장 관리인, '앨리스'와 결혼한 다큐멘터리 진행자, '진'과 결혼한 성공한 사업가로 각각 다른 인생을 살아간다. 이야기를 마친 118살 '니모'는 무엇이 진짜 인생이었는지, 무엇이 더 행복한 인생이었는지를 묻는다.
2092년, 지구는 병들고 우주 위성궤도에 인류의 새로운 보금자리인 UTS가 만들어졌다. 돈 되는 일이라면 뭐든 하는 조종사 태호, 과거 우주 해적단을 이끌었던 장선장, 갱단 두목이었지만 이제는 기관사가 된 타이거 박, 평생 이루고 싶은 꿈을 가진 작살잡이 로봇 업동이, 이들은 우주쓰레기를 주워 돈을 버는 청소선 승리호의 선원들이다. 어느 날 사고 우주정을 수거한 승리호는 그 안에 숨어있던 대량살상무기로 알려진 인간형 로봇 도로시를 발견한다. 돈이 절실한 선원들은 도로시를 거액의 돈과 맞바꾸기 위한 위험한 거래를 계획하는데...
수개월간 우주 과학기지의 작업을 방해해온 레프리콘(Leprechaun: 워윅 데이비스 분)을 처치하기 위해 후커 대장(Master Sgt. Metal Head Hooker: 팀 콜세리 분)이 이끄는 용병대가 투입된다. 수류탄으로 간단히 임무를 수행한 후 귀환한 대원들. 덤으로 레프리콘이 납치했던 디미니아 성의 공주도 데려온다. 그러나 죽은줄 알았던 레프리콘은 대원들 속에 숨어 있었고 본 기지에 들어오자마자 본색을 드러낸다. 디미니아 공주를 찾아 헤메는 레프리콘. 한편 후커 대장은 레프리콘이 살아 있다는 사실에 분개하여 대원을 총 동원, 공격을 펼치지만, 자유자재로 변형이 기능하고 무한한 마법을 지닌 레프리콘에게 번번이 당하고 마는데.
1566년, 인디언 투피남바족이 사는 섬, 신에게서 특별한 능력을 부여받은 전사 아베구아는 주술사로부터 부족을 구할 운명이라는 예언을 듣는다. 그러나, 포르투갈인들과 프랑스인들의 식민지 세력 다툼 사이에서 투피남바족은 몰살당하고 사랑하는 연인 자나이나를 잃은 아베구아는 슬픔에 빠져 벼랑 아래로 몸을 던진다. 떨어지는 순간 새로 변해버린 전사는 자나이나를 찾아 하염없이 날아다닌다. 노예제 폐지 투쟁이 일어났던 1825년과 군부독재를 겪은 1960년대, 폭력의 역사 속에서 환생한 자나이나를 찾아낸 전사는 그녀와 사랑에 빠지고, 절망적인 현실에 저항하려 하지만 실패하고 만다. 2096년, 물부족 사태로 인해 계급 갈등이 첨예해진 리우데자네이루, 전사는 또 다시 자나이나와 재회하고 이들의 운명은 마치 정해진 듯 벼랑 끝으로 질주하는데… 과연 그는 반복되는 운명의 굴레를 벗어 던지고 자나이나와의 영원한 사랑을 이룰 수 있을까?
