아서 호젯은 품평회에서 고아 돼지 베이브를 상품으로 받아온다. 호젯 농장이 양치기 개 플라이는 기존 질서에 위배된다는 대장 렉스의 만류에도 불구하고 베이브를 데려다 자신의 새끼처럼 키운다. 베이브는 연로한 양 마와 괴짜 오리 페르디난디를 사귀는데, 호젯은 베이브를 무척 아끼지만 그의 아내는 베이브를 크리스마스 요리로 만들 작정이다. 어느날 양도둑을 발견한 베이브는 경보를 울리고, 베이브의 용맹에 감명받은 호젯은 그에게 양몰이를 맡긴다. 이에 양치기 개의 권위를 침범당한 렉스는 속이 뒤틀린다. 처음 베이브는 개들처럼 위협과 폭언으로 양들을 다스리려 하지만 곧 공손하고 예의바른 태도로 양들의 협조를 이끌어 내는데....
어느 봄 비바람치던 밤에 세상에 태어난 새끼 돼지 윌버. 너무 조그맣다는 이유로 윌버는 곧장 죽을 위험에 처하지만, 농장의 철부지 어린 딸 펀(다코타 패닝)의 도움으로 삼촌네 농장에서 다른 동물들과 함께 지내게 된다. 친구를 사귀고 싶어하는 윌버의 바람과는 달리 동물들은 자기네끼리 무슨 비밀을 감춘 듯 윌버를 멀리 대한다. 그때 어디선가 들려오는 다정한 목소리. 그 목소리의 주인공은 농장 천장에 사는 거미 샬롯으로, 샬롯은 윌버의 친구가 되어 주기로 약속한다. 언제나 자신의 편이 되어 주는 어린 펀과 새로운 친구 샬롯까지 만난 아기 돼지 윌버는 하루하루가 너무 행복하기만 한데… 행복한 시간도 잠시, 윌버는 여물통 밑에 사는 까칠한 쥐 템플턴으로부터 지금까지 동물들이 쉿쉿~ 감춰왔던 충격적인 비밀을 듣게 된다. 그것은 겨울이 오기 전 윌버는 햄이 되어 식탁에 올라갈 운명이라는 것! 첫 눈을 기다리며 설레여 하던 윌버는 다리 휘청이는 이 소식에 금새 울상이 되고, 샬롯은 윌버를 위로하며 끝까지 윌버를 지켜주겠다고 약속한다. 그리고 모두가 잠이 든 그날 밤, 샬롯은 윌버를 위해 그 누구도 생각하지 못했던 특별한 기적을 준비하는데…
늙은 돼지는 동물들을 학대하고 착췻하는 농장주들의 부당한 처우에 대항하기 위해 반란을 일으킬것을 선동한다. 울타리에 갇혀 압박과 설움에 신음하는 굴종의 시대는 끝났다! 격정적인 연설을 듣고 분기 탱천한 동물들은 급기야 고요했던 농장의 평지풍파를 일으킨다.
베이브는 지역 양몰이 대회에서 우승하지만 주인인 호지트씨의 사고로 은행에 농장을 빼앗기게 되자 에스미는 거액의 사례비를 받고 베이브를 품평회 개막식에 보내기로 한다. 공항에서 에스미와 헤어진 베이브는 돼지가 투숙할 수 있는 유일한 모텔 '벼룩지대'에 서커스 출연자들인 동물들과 함께 투숙한다. 그러나 베이브의 실수로 서커스가 엉망이 되고 모두 보호소로 끌려간다. 베이브는 보호소에서 탈출해 다른 동물들도 모두 구출, 에스미와 많은 동물들과 농장으로 돌아온다.
돼지 윌버는 함께 태어난 형제들 중 가장 작다는 이유로 농장 주인에게 죽음을 당할 뻔 한다. 농장 주인의 딸 펀은 아빠를 설득해 윌버를 애완돼지로 정성껏 키운다. 하지만 윌버는 펀의 삼촌 주커만씨의 농장으로 팔려간다. 펀을 그리워하던 윌버는 어느 날 농장에 살고 있는 양에게 호감을 갖는다. 그렇지만 양은 돼지 윌버와 자신은 격이 다르다며 친구가 되기를 거부한다. 돼지는 크리스마스 때 베이컨이나 햄으로 만들어져야 하기 때문에 도살되어야 한다는 것이다. 겁에 질려 벌벌 떠는 윌버. 그때 누군가의 목소리가 들린다. "내가 너의 친구가 되어줄게. 내가 도와줄게"하며윌버 곁에 나타난 커다란 회색 거미 샬롯. 윌버는 샬롯에게 자신의 처지를 하소연하며 도움을 청한다. 샬롯은 불안해하는 윌버에게 힘닿는 데 까지 도와 줄 것을 약속한다. 펀이 주커만씨의 농장을 찾던 날, 알에서 부화한 일곱 마리의 새끼거위들이 태어난다. 그 중 덩치가 가장 작은 새끼거위 제프리 역시 윌버와 친구가 된다. 이제 윌버는 새 친구들과 함께 행복한 나날을 보내게 되는데...
