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ゴジラシリーズ第7作。行方不明の兄を探す少年、大学生２人、銀行強盗ら４人が乗りあわせたヨットが、エビラの襲撃を受けて遭難。南海の孤島レッチ島に漂着する。彼らはそこで、インファント島の住人を拉致し、核弾頭を秘密裏に造る秘密結社・赤イ竹の存在を知る。彼らはレッチ島に眠っていたゴジラを覚醒させて、インファント島の島民たちの救出と、島からの脱出を画策するが…。

日本の貨物船がロリシカ国の水爆実験場があるインファント島の近くで沈没した事故を取材するため、新聞記者の福田とカメラマンのミチは島へ。そこで福田たちは先住民たちを調査する中条と知り合う。ジャングルで一行は、小美人という身長約30cmの双子の妖精と出会うが、日ロ合同調査隊のロリシカ人ネルソンは後日、島を再訪し、小美人を捕らえて見世物にする。やがて島の守護神である怪獣モスラの幼虫が日本近海に現われ……。