Jump City è attaccata da un misterioso ninja giapponese mascherato chiamato Saico-Tek ma i Teen Titans riescono a catturarlo. Sotto interrogatorio, Saico-Tek rivela l'identità di colui che lo ha mandato: Brushogun. Improvvisamente però scatta l'allarme antincendio e dopo aver controllato, non trovando niente, il ninja misteriosamente scompare. Robin decide di partire per Tokyo, in Giappone, per cercare il ninja.
Non molto tempo dopo la scomparsa di Megatron e il restauro di Cybertron, gli Autobot celebrano Bumblebee, promosso alla classe di guerriero da Optimus Prime. I festeggiamenti terminano, tuttavia, quando Optimus si mette in viaggio per trovare l'AllSpark, l'origine di una nuova vita su Cybertron. Ultra Magnus è lasciato in carica in assenza di Prime per scovare Starscream, Shockwave e Predaking con gli altri Autobot. Nel frattempo, sulla Terra, nella parte inferiore dell'oceano, la coscienza di Megatron viene risvegliata da Unicron, che cerca di distruggere il suo arci-nemico Primus, che si trova nel nucleo di Cybertron, e si impadronisce del corpo di Megatron per farlo.
Sono passati due anni dalla fine della prima serie TV, ed Edward si trova ora in un mondo simile al nostro, precisamente nella Germania del 1923, e sta cercando in tutti i modi di tornare ad Amestris. Nel tentativo di tornare a casa, tuttavia, Ed ha attirato l'attenzione della Società di Thule, intenzionata ad aprire un portale per la leggendaria Shamballa, che cercherà in tutti i modi di impossessarsi dei risultati delle sue ricerche.
UC 0093. Sono passati quasi quattordici anni dalla fine della Guerra di un anno, ma nella Sfera Terrestre la pace è ancora un miraggio. La Federazione, ripresasi dalla sconfitta, ha creato una nuova forza speciale anti-coloniale: la Londo Bell. Riapparso dopo molto tempo, Char si dichiara leader di Neo Zeon, la compagine già erede delle istanze di indipendenza dell'ex Principato fondata da Haman Karn. Il suo obiettivo è forzare la popolazione terrestre ad emigrare nello spazio, anche al costo di causare una apocalisse...
Il cuore di Kim è catturato da Eric che diventa il suo ragazzo. Lei non lo sa ma il suo migliore amico Ron prova qualcosa per lei…
Arnold e i suoi compagni di classe vanno in gita a San Lorenzo, nell'America centrale, che per una strana coincidenza è anche l'ultimo posto in cui sono stati visti tempo prima i genitori di Arnold prima di scomparire. Il viaggio prende però una piega inaspettata quando vengono rapiti da un gruppo di pirati. Di fronte ai pericoli della giungla, Arnold farà di tutto per assicurarsi che le cose vadano nel migliore dei modi sperando nel frattempo di poter ritrovare i genitori.
Quando una battaglia tra i Purple Dragons e quelle che sembrano essere le Tartarughe Ninja viene trasmessa in TV, le Tartarughe, per dimostrare al maestro Splinter che non hanno disobbedito all'ordine di rimanere nell'ombra, decidono d'indagare. Nel covo dei Purple Dragons le Tartarughe scoprono che i loro "impostori" sono, in realtà, delle versioni di loro stesse che provengono da un'altra dimensione ambientata nel 1987...
Un attentatore suicida si fa esplodere nel casino di proprietà dell'agente speciale Catherine Willows, che torna dunque da Los Angeles per seguire le indagini. Gil Grissom, intanto, viene arrestato per aver oltrepassato il porto di San Diego e D.B. Russell offre a Sara Sidle l'opportunità di prendere in mano le indagini sull'attentato. Mentre il team è al lavoro per ripristinare la sicurezza nelle strade di Las Vegas, molti quesiti in sospeso iniziano a trovare una risposta.
Tutte le cose vili devono finire, e per Daria Morgendorffer questo significa che è tempo di guardare oltre il liceo per andare all'università. La nostra bambina è cresciuta così in fretta. È tempo di istruzione superiore, aspettative ridotte e una forte dose di sarcasmo. La vita non può fare più schifo dopo il liceo, vero?
