A Földön már kipusztult minden élőlény és a növényekből is csak néhány maradt fenn, az is egy üvegházszerű űrhajó veteményes kertjében. Az ökológus és botanikusból álló legénység azon dolgozik, hogy megőrizze és később visszatelepítse a Földre a még megőrzött növényzetet. Később utasítást kapnak, hogy semmisítsék meg az üvegházat és szolgáltassák vissza a kereskedelmi célokat szolgáló űrhajót. A két tudós nem hagyja annyiban a dolgot és megtagadja a parancsot.
Bud és Doyle két tiszteletlen naplopó. Serény környezetvédő barátnőjükkel egy nap kirándulnak az arizonai sivatagba, mikor egy modern bevásárlóközpontnak tűnő épületnél találják magukat. Ez azonban egy kísérleti környezetkímélő tudományos bázis, ahová egy évre bezárják a tisztátalan idegeneket. A projekt ura Dr. Faulkner, aki elszánt csapatával szinte terrorista módszerekkel él a környezetkárosítás ellen. A srácok viszont minden tisztaságmániást az őrületbe kergetnek.
A César-díjas Mikrokozmosz nem szokványos természetfilm, inkább rovar-eposz, hősökkel, istenekkel. A film címe beszélő cím, a körülöttünk lévő mikrovilágot, magát a mikrokozmoszt teszi láthatóvá a biológus páros. A Mikrokozmoszban egy és negyed órán át minden szöveg, narráció, ismeretterjesztő információ nélkül élhetjük át az apró, fűközeli lények: rovarok, csigák, lepkék életét. Olyan ez a film, mint egy szimfónia vagy mint egy ősi mítoszokat rejtő képeskönyv. Nem természetfilm, nem dokumentum, nem ismeretterjesztő oktatófilm, hanem a valóság valószerűtlen látása, egy nem létező perspektívából való szemlélése, mely így egy valótlan valóságot teremt, ismert lényeket tesz idegenné, saját világunkat a képzelet alkotásává változtatja, vagyis ez a film - ahogy maga nevezi magát - "természeti fikció".
