Az Itéletnap elől menekülve két intelligens majom-tudós, Cornelius és Zira visszautazik az időben, hogy elmeneküljön a világméretű pusztulás elől. A mai Los Angelesbe érve pillanatok alatt a karhatalom fogságába kerülnek. Az állandó kihallgatások, tesztek és kísérletek testileg-lelkileg tönkreteszik a majmokat, és szökési kísérletük is kudarcba fullad. Egyetlen reményük Zira börtönben született és nevelkedett gyermeke, akinek sikerül megszöknie...
Egy román kutatócsoport a rengeteg mélyén XIII. századi apátság romjaira bukkan. Hamarosan kiderül, hogy az apátság hatalmas földalatti barlangrendszer fölé épült. A helybeli biológusok szerint a barlang egy ismeretlen ökoszisztémát rejt. A kutatók segítségül hívnak egy csapat amerikai barlangászt, hogy kiderítsék, mi lakik a mélyben. Jack és fivére Tyler, a két adrenalinfüggő specialista, a világ legkiválóbb búvárjaival lát hozzá a felderítéshez. Azonban amit a barlang mélyén találnak, nem egyszerű ökoszisztéma, hanem egy ismeretlen új faj.
